En general el manejo del agua se ha caracterizado por sistemas de gobernabilidad fragmentados, en los que se carece de coordinación y participación de diversos grupos de interés en la búsqueda y adopción de soluciones, generando la desarticulación con otros sectores, la falta de soporte científico en la toma de decisiones y en general una política de manejo en la que es difícil desarrollar estrategias de planeación que permitan garantizar un uso eficiente del recurso sobre todo a escalas locales.
En este sentido, resulta fundamental la cooperación estrecha entre autoridades del agua, organismos operadores, sector académico, industria y sociedad en general para implementar la gestión integral de los recursos hídricos y hacer frente a los factores que con base en la experiencia han limitado la buena gobernanza y administración del agua a lo largo de los años.